04.40 - 03.43

Nach der Besetzung wurde Dänemark in 2 Abschnittsbereiche unterteilt.
Die Westküste gehörte verteidigungsmäßig und personell zum Bereich der Marinestation der Nordsee.
Der Marinebefehlshaber Dänemark war dort nur in Standortfragen vorgesetzte Dienststelle.
Die Ostküste gehörte verteidigungsmäßig und personell zum Bereich der Marinestation der Ostsee.
Hier war der Marinebefehlshaber, der selbst auch dem Stationschef in Kiel unterstand, in allen Angelegenheiten Vorgesetzter.
Im Laufe des Krieges wurde die zweigliedrige Unterstellung problematisch.
Bis auf die Insel Roem, die beim Admiral Deutsche Bucht verblieb, wurde ganz Dänemark im Februar 1943 dem Marineoberkommando Ostsee unterstellt.

03.43 - 04.44

Am 29.8.1943 verhängen deutsche Behörden den Ausnahmezustand, nachdem die dänische Regierung die Forderung abgelehnt hat, über das Land den Ausnahmezustand zu verhängen, Schnellgerichte und Todesstrafe für Saboteure einzuführen. Beginn von Streiks und Sabotage, Rücktritt der dän. Regierung. Entwaffnung des dänischen Heeres durch deutsche Truppen. Selbstversenkung der dänischen Flotte (VAdm. Vedel). 
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Im April 1944 tritt eine Neugliederung ein. Dem Kommandierenden Admiral Dänemark wird der Schutz des Küstenvorfeldes und Befehlsgewalt über die neu aufgestellte 8. Sicherungsdivision übertragen. Neue Dienstbezeichnung ist Kommandierender Admiral Skagerak

04.44 - Ende

Sitz des Marinebefehlshaber bzw. Kommandierenden Admirals war Kopenhagen.
Am 22.10.1944 verlegte das Stabsquartier allerdings nach Aarhus, wo es bis Kriegsende verblieb.